Flores Leyes fue secretario del Juzgado Federal de Chaco entre 1974 y 1992. Como tal participó en los interrogatorios bajo tortura a detenidos-desaparecidos que tomaron lugar en la Brigada de Investigaciones de Resistencia.

Flores Leyes también participó en la masacre de Margarita Belén al levantar una constatación falsa de un presunto enfrentamiento que habría llevado a la muerte de las víctimas.

Más tarde Flores Leyes fue fiscal, pero finalmente renunció al iniciarse el proceso judicial contra él. Fue detenido en el 2008 y su caso elevado a juicio en el 2009.

Ex Fiscal Federal Carlos Flores Leyes a la Justicia - Mercedes Hoy